V dobe socializmu pôsobili slovenskí dominikáni v „podzemnej cirkvi“ po Barbarskej noci (13. a 14. apríla 1950), keď sa zlikvidovali všetky kláštory v Československu. Dominikán, páter Akvinas Juraj Gabura (1915) sa po prepustení z väzenia (1960) nenechal odradiť a pracoval v podzemnej cirkvi, prekladal texty z filozofie, teológie a rozmnožoval ich na písacom stroji. Okrem košického kláštora spolu s českými dominikánmi, s ktorými sa kontaktoval, tajne založili konventy v Bratislave a v Žiline tesne pred pádom socializmu, neskôr aj v Dunajskej Lužnej a vo Zvolene. Po páde socializmu pribúdal počet bratov a dominikáni sa mohli vrátiť do košického kláštora. V roku 1989 začali budovať knižnicu vo všetkých svojich konventoch a zbierať všetky samizdaty a ilegálne šírenú náboženskú literatúru. V roku 2010 začali pracovať na jednotnom internetovom projekte Dominikánsky knižný inštitút.
V rokoch 1954 - 1955 pôsobili Školské sestry svätého Františka v ústavoch Českej katolíckej charity, a to v domovoch dôchodcov a ústavoch pre mentálne postihnuté deti a mládež. S Pražskou jarou v roku 1968 prišlo politické uvoľnenie a s ním aj možnosť prijímať rehoľný dorast. Do kongregácie tak opäť mohli vstúpiť nové sestry. Sestry využili aj možnosť návratu na Slovensku, kde vzniklo niekoľko malých komunít. Vypomáhali vo farnostiach a venovali sa katechéze. Niektoré pracovali v zdravotníctve. Nastalo obdobie normalizácie a komunisti znova pokračovali v prenasledovaní cirkvi. Sestry sa museli navonok zrieknuť rehoľného oblečenia a pracovať v rôznych civilných zamestnaniach. Mnohé z nich tajne vstúpili do kongregácie, boli sledované tajnou políciou, predvolávané na výsluchy a niektoré strávili istý čas aj vo väzení. Počas Akcie „VIR" - zásahu Štátnej bezpečnosti boli na Kvetnú nedeľu 27. marca 1983 prepadnuté domy bratov františkánov a sestier františkánok (Prešov, Košice, Poprad, Tvrdošín, Ružomberok, Bratislava). Príslušníci ŠtB vykonali domovú prehliadku, pri ktorej zhabali náboženskú literatúru, liturgické predmety, písacie stroje a vkladné knižky. Rehoľní bratia a sestry boli zatknutí, väznení a obvinení z marenia dozoru nad cirkvami, pretože tajne vstúpili do františkánskeho rádu a vyvíjali v ňom činnosť. Rehoľníkov nezlomilo prenasledovanie a po roku 1989 pokračovali legálne vo svojej činnosti. V roku 1990 bol kongregácii vrátený provinciálny dom v Žiline a postupne sa z Čiech mohli vrátiť sestry na Slovensko. Komunity v Bratislave, Trnave, Ružomberku, Poprade, Prešove a Košiciach vystúpili z „podzemia" a Školské sestry začali verejne nosiť rehoľný odev.
