Historický pôvod Cirkvi bratskej je spojený s pôsobením Petra Chelčického, ktorý je považovaný za zakladateľa Jednoty bratskej (1457). V svetovej literatúre sa toto hnutie uvádza ako „Moravskí bratia“, resp. „Unitas Fratrum“. Na Slovensku sa zbory Cirkvi bratskej formovali hlavne v 20. storočí. Dnešná Cirkev bratská (tento názov prijala v roku 1967) vznikla spojením dvoch prebudeneckých hnutí v čase politických zmien po 2. svetovej vojne. Vtedy už bola v Československu etablovaná Jednota českobratrská ideove nadväzujúca na Chelčického a Komenského Jednotu bratskú. Na Slovensku sa k nej v dôsledku komunistickej likvidácie cirkevných spolkov pridalo mnoho členov vnútromisijného evanjelického abstinentského hnutia Modrý kríž, ako i repatrianti prídení z Maďarska a niektoré moravsko-sliezské zbory. Cirkev bratská má zbory v Bratislave (1926), Žiline, Prešove (1923), Košiciach, v Leviciach a inde (celkovo 14). V období socialistickej a ateistickej diktatúry bola Cirkev bratská pod štátnym dohľadom vlády a prísne kontrolovaná. Napriek tomu realizovala samizdatové vydania literatúry, spevníkov a nahrávok albumov, ktoré boli v ostrom rozpore so socialistickou ideológiou marxizmu-leninizmu. V roku 1959 komunisti zatkli, odsúdili a uväznili Ondreja Luptáka, Vladislava Mateja, Jána Rosu a Jána Holého zo Starej Turej za vymyslený zločin podvracania republiky. Z väzenia ich prepustili po 11 mesiacoch na amnestiu 9. 5. 1960. Neskôr boli v plnej miere rehabilitovaní, avšak pokračovali vo svojich aktivitách v podzemnej cirkvi. Napríklad Juraj Potúček po vydaní samizdatu o hudobnej tvorbe sestier Royových bol prepustený zo svojho pracoviska v Slovenskej akadémii vied. Podobné problémy postihli i viacerých veriacich. V roku 1967 zmenili názov z Jednoty Českobratrské na Cirkev bratská a v roku 1975 začali s výstavbou modlitebne na Cukrovej ulici v Bratislave. V roku 1997 založili základnú školu Narnia-Bratislava a neskôr bilingválne gymnázium C.S.Lewisa v Bratislave (2004). Rozvinuli tiež charitatívnu činnosť prostredníctvom viacerých zariadení s názvom „Betánia“. V súčasnosti sú zbierky samizdatových kníh, spevníkov a nahrávok k dispozícii v knižniciach jednotlivých zborov na Slovensku.