Na Slovensku boli vytvorené podmienky pre vznik Katolíckej univerzity v Ružomberku až po nežnej revolúcii v roku 1989, keď sa slovenskí biskupi usilovali vytvoriť pedagogickú fakultu, ktorá by pripravovala katolíckych učiteľov. Zakladacia listina Pedagogického inštitútu sv. Ondreja v Ružomberku bola podpísaná 29. júna 1995 v Dolnej Krupej, riaditeľom sa stal prof. RNDr. Jozef Ďurček, CSc.
V roku 1996 Akademický senát Trnavskej univerzity kreoval Katecheticko-pedagogickú fakultu sv. Ondreja TU (KPF) transformáciou z Pedagogického inštitútu sv. Ondreja. V roku 1997 bola KPF začlenená do Žilinskej univerzity a jej štatút, s právami cirkevného dohľadu rovnakými ako platia pre teologické fakulty, bol zaregistrovaný na MŠ SR. Dekanmi KPF boli prof. RNDr. Jozef Ďurček, CSc. (1996-1998) a prof. RNDr. Pavol Kluvánek, CSc. (1999-2000).
Neskôr na báze KPF vznikla Katolícka univerzita v Ružomberku. Zákon NR SR č. 167/2000 zo dňa 10. mája 2000 o zriadení Katolíckej univerzity v Ružomberku (tak znie úplný názov) určil vznik k 1. júlu 2000 s dvoma fakultami: pedagogickou a filozofickou. Teologická fakulta so sídlom v Košiciach bola zriadená 1. júla 2003, štvrtá fakulta v poradí – fakulta zdravotníctva – začala svoju činnosť 1. júla 2005. Zákon 167/2000 síce zriadil KU ako neštátnu vysokú školu, ale Zákonom NR SR 131/2002 o vysokých školách sa KU stala verejnou vysokou školou s konfesijným charakterom od 1. apríla 2002.
